La capilla del colegio Champagnat se ubica estratégicamente en la entrada principal y se accede a ella por el hall central y comunica a los patios de Ed. Básica y Ed. Media. Es un espacio de oración y reflexión, que permite a los cursos realizar sus celebraciones eucarísticas semestrales y encontrarse con el Señor cada vez que sea necesario.

Tiene capacidad para unas 50 personas sentadas y está ambientado con un altar para celebraciones litúrgicas y encuentros de oración. Habitualmente en las jornadas matutinas hay presencia de profesores, apoderados y alumnos que inician su jornada de trabajo con energías renovadas. En la pared norte hay un Cristo en relieve, obra del Hno. Antonio Muguerza, quien fuera además profesor de arte de nuestro colegio en la década de los setenta. Por otra parte, la capilla está decorada con pequeños cuadros que recuerdan la pasión y muerte de Jesús.

Encuentros con Cristo, talleres de reflexión, encuentros de profesores, celebraciones y eventos especiales suelen iniciarse en este espacio de recogimiento y devoción. Profusamente utilizada es en el Mes de María, con oraciones por la mañana y tarde y en Semanas dedicadas al ámbito pastoral.

Además, el colegio cuenta con rincones marianos en ambas secciones, ambientadas con una imagen de la virgen del Carmen y donde los alumnos suelen compartir en tranquila armonía.