El colegio Champagnat de Villa Alemana cuenta con un total de 32 salas de clases divididas en las secciones de Kinder y prekinder, sección de Educación Básica de primero a sexto básico y Educación Media de séptimo a cuarto medio. Cada pabellón está especialmente diseñado para los niveles que atiende. De esta manera los niveles iniciales se ubican frente al colegio por Avda. Champagnat, con salas especialmente equipadas para los más pequeños y patios con juegos infantiles. La sección de Ed. Básica cuenta con dos niveles, ocupando el segundo piso los cursos superiores de quinto y sexto básico. Cada sala cuenta con data show, pizarras acrílicas, estantes de útiles escolares y pupitres individuales. Por su parte, en la sección de Ed. Media, las salas de clases se ubican en el primer y segundo piso, destinándose exclusivamente el pabellón norte a los cursos de Tercero y Cuarto medio, divididos en los electivos Humanista, Biológico y Matemático. Cada sala cuenta con proyectores, telón, computadores y bancos individuales.